Национальная команда Эстонии стала первой в УЕФА, сыгравшей официальные матчи со всеми другими членами УЕФА. 5 июня 2012 состоялся товарищеский матч со сборной Франции — последней из остальных 52 членов УЕФА, с которой сборная Эстонии встретилась за свою историю. 5 марта 2014 состоялся товарищеский матч со сборной Гибралтара, вошедшей в УЕФА в 2013 году; Сборная Эстонии вновь стала единственной европейской командой, игравшей против всех сборных стран-членов УЕФА.
11 февраля 2009 года в рамках тренировочного сбора в Турции, сборная Эстонии проводила матч со сборной Казахстана. По достигнутым договорённостям эстонцы должны были играть в майках белого цвета, а казахские футболисты в синего. Но непосредственно перед матчем выяснилось, что обе национальные команды взяли с собой по комплекту синей формы. Администраторы эстонского коллективы вышли на представителей донецкого «Шахтёра», который также находился на сборах в Турции с просьбой предоставить комплект белой формы. ФК «Шахтёр» пошёл навстречу, и в итоге национальная команда Эстонии провела матч в майках с логотипом спонсора и гербом донецкой команды.
В квалификации ЕВРО-2012 эстонцы забили 15 голов, а пропустили только 14. Впервые их разница мячей оказалась положительной.
В Лиге Конференций 2021/22 эстонский клуб «Флора» впервые пробился в групповой этап.
В Группе Б таллиннская «Флора» сыграла против:
— Гент (Бельгия) 0:1, 0:1
— Партизан (Сербия) 1:0, 0:2
— Анортосис (Кипр) 2:2, 2:2